Como organismo público orientado a la innovación y la transferencia de tecnología, la Agencia Andaluza del Conocimiento estructura sus servicios en torno a cinco grandes áreas de actividad:

• Transferencia de conocimiento, poniendo el valor el conocimiento y la tecnología generada en universidades y centros de investigación andaluces y convirtiéndolos en bienes y servicios que generen actividad económica.
• Programas Internacionales de I+D+I, ayudando a los agentes del Sistema Andaluz del Conocimiento a mejorar su participación en programas internacionales, especialmente el Horizonte 2020.
• Evaluación y Acreditación de la calidad universitaria y de la I+D+I
• Impulso a la formación de jóvenes andaluces e investigadores en centros de prestigio internacional, a través de becas y ayudas a la movilidad como el Programa Talentia o las iniciativas Andalucía Postdoc y Talent Hub.
• Generación de estudios y análisis relacionados con la actividad investigadora e innovadora en el Sistema Andaluz del Conocimiento que ayuden en la toma de decisiones.

Los servicios de la Agencia Andaluza del Conocimiento son gratuitos y están dirigidos, principalmente, a grupos de investigación, empresas y entidades de I+D+I andaluzas.